Josef Frederiks ist noch Kapitän von Bethanien als Friedrich Heinrichs Anfang 1893 sein Missionarsamt antritt.
Er ist Nachfolger von David Christian Frederiks, dessen Amt er 1880 übernimmt. Josef Frederiks erkrankt im Ankunftsjahr von Friedrich Heinrichs (1893) und übergibt deshalb am 14. September 1893 sein Amt an seinen zweitältesten Sohn, Paul Frederiks. Friedrich Heinrichs informiert hierüber die Deputation in seinem Bericht vom 8. September 1893:
„Auch möchte ich erwähnen, daß unser Kapitän Josef Frederiks von hier schon seit einigen Monaten an einer sehr bösen Krankheit leidet und dieselbe in letzter Zeit so sehr zugenommen hat, daß er nach menschlichem Ermessen nur wohl nur noch eine kurze Zeit leben wird. Dies fühlte der Kapitän auch selber und übergab darum am Donnerstag den 14. September seinem zweit ältesten Sohn, da der älteste zu unfähig ist, seine Regentschaft. Wie ich höre ist sozusagen die ganze Gemeinde damit nicht zufrieden, weil sein Sohn zu grob sei und zu sehr lüge, und wollen jetzt einstimmig meinen Ältesten Cornelius Frederiks zum Kapitän wählen. Wolle unser aller Herrscher und König droben im Himmel, daß keine Uneinigkeit und Zersplitterung in unserer Gemeinde entsteht. Unseren kranken Kapitän aber wolle der gerechte Richter gnädig sein und ihm ein seliges Ende verleihe, damit er im Jenseits die Krone der ewigen Gerechtigkeit tragen darf.“
Paul Frederiks Rolle im Verlauf der Auseinandersetzungen mit Witbooi und Cornelius Frederiks.
Noch im Mai 1894 raubten die Witbooi`s während der postalischen Friedensverhandlungen den mit den Deutschen verbündeten Rehobother Baster 1000 Rinder. In der Naukluft gab es auch immer wieder kleine Gefechte. Nachdem Waffenhändler Dunken am 21.05.1894 in Keetmanshoop verhaftet wurde fehlte Hendrik der Nachschub an Munition. Am 24.05.1894 kam es zu einem vorläufigen Waffenstillstand. Ein Kommando der Witbooi schlich trotzdem, wohl um Munition zu beschaffen, an den Deutschen vorbei nach Bethanien. Sie wurden dort aber von Leutnant Ziethen verhaftet. Der machtlose Paul Fredericks von Bethanien stand an der Seite der Deutschen. Selbst im britischen Walfishbay bettelte Hendrik ohne Erfolg um Munition. Während der Verhandlungen mit Leutwein beschrieb Hendrik, dass sein Grossvater Kido das Grossnamaland von der roten Nation (1863) erobert hat und er nun Oberkapitän der Nama sei.Mit dieser fantasiereichen Ansicht stand Hendrik allein. Die anderen Kapitäne des Gross-Namaqualandes fühlten sich in keinster Weise den Witboois verbunden oder untergeordnet. Keiner kam Hendrik zu Hilfe. Leutwein verzögerte den Angriff durch hinhaltende Verhandlungen bis die Verstärkung, die am 17.07.1894 in Swakopmund unter Estorff und Burgsdorff mit 225 Mann anlandete. Am 20.08.1894 kündigte Leutwein seinen Angriff schriftlich an. Die Naukluft war inzwischen völlig umstellt. Auch die Rehobother Baster beteiligten sich auf deutscher Seite. Die Blockade der Munitionslieferungen und die nachfolgenden Kämpfe ab 27.08.1884 brachten Hendrik mit seinem gesamten Stamm in eine aussichtslose Lage. Witboois Hauptlager war bei „Tsams- Ams“ in der Naukluft. Die Kämpfe entwickelten sich auf beiden Seiten verlustreich. Am 03.09.1894 fiel die letzte Wasserstelle bei Gurus in die Hände der Deutschen. Hendrik, selbst verletzt, war am Ende. Nur noch ein Ausweichen zur wasserlosen Wüste oder ein Durchbruch durch die deutschen Reihen blieb Hendrik übrig. Seine Kämpfer hatten nichts zu Essen und keine Munition. Leutwein hätte durch seine in Stellung gebrachten Geschütze und Soldaten im Süden der Naukluft die physische Vernichtung der Witboois, allerdings unter Inkaufnahme eigener Verluste, in der Hand. Auch konnte Leutwein nicht ausschliessen, dass Hendrik ihm mit einer kleinen Gruppe bei Nacht entkommt und an anderer Stelle mit neuen Kämpfern zum Problem wird. Leutwein setzte auf Diplomatie. Er entschied sich, wohlwissend welche Kritik der Überfall auf den Hornkranz ausgelöst hatte, die völlig erschöpften Witboois nicht zu zerschlagen. Viele Andersdenkenden in Deutschland forderten die Erschiessung von Hendrik Witbooi. Leutwein wollte dies nicht. Am 15.09.1894 unterzeichnete Hendrik Witbooi im Lager der Witbooi den „Schutzvertrag“. Die Witbooi waren so geschwächt, dass sie zunächst nachdrücklich von den Deutschen Nahrungsmittel erbaten und erhielten. Laut Vertrag war Hendrik verpflichtete sich den Deutschen unter zu ordnen, Heeresfolge zu leisten und sich wieder im Gebiet von Gibeon anzusiedeln. Der erhoffte Friede trat ein. Es blieben Spannungen durch Unterdrückung. Hendrik hielt sich erstaunlicherweise in den folgenden 10 Jahren an den Schutzvertrag. Sein Stamm erstarkte wieder. Hendrik unterstützte wie kein anderer die Deutschen gegen die Namastämme. Ohne die Unterstützung der Witbooi, bei der Unterdrückung, wäre es fraglich gewesen ob sich das Deutsche Reich im Süden hätte behaupten können. Hendrik half den Deutschen bei der Unterdrückung der Aufstände: 1895 gegen die Khauas,1896 gegen die Mbanderu,1897 gegen die Afrikaner, 1898 gegen die Swartbooi, 1901 gegen die Grootfonteiner Baster, 1903 gegen die Bondelswarts, 1904 gegen die Herero am Waterberg. Leutwein wollte die “Landfrage“ klären. Die Grootfoneiner Baster hatten nur einen Pachtvertrag mit den Frederiks. Leutwein sah es als erwiesen an, dass Nordbethanien nicht mehr zu dem Besitz von Paul Frederiks gehörte, weil er es nicht gegen die Witboois verteidigt hatte. Damit war auch der Pachtvertrag von Hermann und der Pachtvertrag der Grootfonteiner Baster hinfällig. Leutwein erklärte Nordbethanien zum Kronland. Es kam zu Verhandlungen zwischen der Regierung und der Kolonialgesellschaft die auch von diesen Regelungen benachteiligt war. Hermann mußte einen Vergleichsvertrag in Bethanien am 12. November 1894 unterscheiben. Paul Frederiks erkannte endgültig die im Vertrag mit Vogelsang als 20 Meilen landeinwärts bezeichneten nicht als englische sondern als geographische Meilen an. Im Zusammenhang mit einem Vergleichsvertrag mußte Hermann als Vertreter der Deutschen Kolonialgesellschaft dem Kapitän Paul Frederiks Weiderechte in der Erntezeit in Kubub einräumen und 2.000M zum Bau einer neuen Kirche entrichten. Zur Unterzeichnung des Vertrages kam der neu ernannte Bezirkshaupmann Herr Duft aus Keetmanshoop nach Bethanien in das Haus des Missionars Heinrichs.